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L'histoire se centre sur Zen Seizaki, un procureur du district de Tokyo. Alors qu'il enquêtait sur des actes illégaux commis par une société pharmaceutique, Seizaki tombe sur une conspiration au sujet d'une élection pour une «nouvelle zone» autonome établie dans l'ouest de Tokyo. Basé sur le roman Babylon de Mado Nozaki.

Bienvenue à Kura, une organisation qui enquête sur des crimes en utilisant le Mizuhanome, un système percevant l'envie de tuer. Rencontrez Sakaido, un détective brillant qui pilote ce système. Pour résoudre les mystères, il pénètre dans le monde de l'inconscient des meurtriers : le puits de ça, généré à partir de leur envie de tuer. Dans l'ombre de brutales et énigmatiques affaires rôde John Walker, un tueur en série particulièrement dangereux. Où sa traque emmènera-t-elle les enquêteurs ?

A travers les époques, retour au fil des heures sur des affrontements militaires entre de puissantes civilisations qui ont été des tournants de l'histoire.