Rinka est une lycéenne comme les autres, qui vit avec son père à Tokyo. Alors qu'elle rentre de l'école, elle aperçoit dans le ciel un manchot ainsi que des poissons lumineux. L'un d'eux la touche et Rinka s'évanouit, pour se réveiller ensuite avec l'étrange capacité de traverser les objets. Un pouvoir nommé ESP qu'elle n'est pas la seule à avoir obtenu... Après avoir fait la rencontre de Kyôtarô, un garçon ayant acquis la faculté de se téléporter, tous deux décident de mettre leurs pouvoirs au service de la justice.
L’histoire nous emmène dans la vie de Shirô Emiya, un jeune homme élevé par un mystérieux magicien après la mort tragique de ses parents. Shirô est devenu un lycéen solitaire capable de réparer les objets d'instinct et de lancer quelques sorts. Au cours d’une nuit mouvementé, il est entraîné dans une féroce bataille entre deux magiciens mais Shirô réussi à invoquer Saber, une redoutable épéiste pour le protéger. Il se retrouve alors dans une guerre impitoyable pour la quête du Saint Graal, une relique qui exaucerait les vœux.
Depuis les temps mythologiques, la déesse Athéna et le seigneur des Enfers Hadès s'affrontent lors de « Guerres Saintes ». Notre histoire se déroule au 18e siècle, bien avant les événements de Saint Seiya (Les Chevaliers du Zodiaque) durant lesquels Seiyar et ses compagnons ont combattu Hadès aux côtés d'Athéna. Le rideau se lève sur une aventure inédite où s'entremêlent les destins du Chevalier Pégase, du seigneur des Enfers Hadès, et de la déesse Athéna de l'époque, sur fond de Guerre Sainte !
Le soir de ses dix-huit ans, Molly Dawes, jeune fille complètement paumée, se retrouve ivre devant un bureau de recrutement de l'armée. En voyant une affiche avec une femme soldat dessus, elle décide de s'inscrire dès le lendemain. De son manque de confiance au quotidien à ses nouvelles responsabilités en tant que soldat, sa vie va complètement changer.
