Première partie de la tétralogie, le film suit Tulse Luper enfant au cours de la première guerre mondiale, explorateur en pays Mormon dans l'Utah puis écrivain en Belgique pendant la montée du fascisme. Il collectionne des valises (92 au total) contenant des objet représentant le monde.
Une plage, un hôtel, ses paillottes, ses cocotiers. Une bande de jeunes garçons qui échangent leurs charmes et leur tendresse contre quelques faveurs. Deux Américaines d'une cinquantaine d'années en mal de tendresse et de sexe et Legba, 18 ans tout au plus, beau comme un dieu, qu'elles viennent retrouver là chaque année et qui va bouleverser leur vie.
Alexeï, malade et alité pour une « blanche, blanche journée », profite de son oisiveté forcée pour s’adonner à un long monologue intérieur. Il se laisse, pour d’obscures raisons, aller à un soudain besoin irrépressible de replonger dans sa propre mémoire. Il y voit notamment défiler ses sentiments ambivalents pour sa mère, et le souvenir amer d’un père poète, ayant trop tôt déserté le foyer familial. Par ce voyage intime qui le mène au cœur de son enfance, Alexeï espère éclaircir les mystères de son devenir. Il le renvoie pourtant irrémédiablement à sa propre situation et celle de son fils, confronté comme lui à une séparation parentale et au départ du père.
Dieu se débarasse avec un rasoir droit. La Terre Mère, semblable à un esprit, émerge, s'aventurant dans un paysage sombre et stérile. Secousses et recroquevillés, le Fils de la Terre est attaqué par des cannibales sans visage. Présenté de manière surréaliste, sanglante et entièrement visuelle, Begotten raconte la mort de la religion, l'abus de la nature par l'homme et une vision nihiliste de ce qu'est finalement la vie.
En plein désert marocain, un coup de feu retentit. Il va déclencher toute une série d'événements qui impliqueront un couple de touristes américains au bord du naufrage, deux jeunes Marocains auteurs d'un crime accidentel, une nourrice qui voyage illégalement avec deux enfants américains, et une adolescente japonaise rebelle dont le père est recherché par la police à Tokyo. Séparés par leurs cultures et leurs modes de vie, chacun de ces quatre groupes de personnes va cependant connaître une même destinée d'isolement et de douleur…
New York, fin des années 80. Bobby est le jeune patron d'une boîte de nuit branchée appartenant aux russes. Avec l'explosion du trafic de drogue, la mafia russe étend son influence sur le monde de la nuit. Pour continuer son ascension, Bobby doit cacher ses liens avec sa famille. Seule sa petite amie, Amada est au courant : son frère, Joseph, et son père, Burt, sont des membres éminents de la police new-yorkaise… Chaque jour, l'affrontement entre la mafia russe et la police est de plus en plus violent, et face aux menaces qui pèsent contre sa famille Bobby, il va devoir choisir son camp…