Le voyage d'un jeune homme dans le désert, où il se fait kidnapper par un sadique portant un masque de porc. Pour échapper aux tortures de l'inconnu, le jeune homme sombre dans un univers imaginaire et fantastique.
Dieu se débarasse avec un rasoir droit. La Terre Mère, semblable à un esprit, émerge, s'aventurant dans un paysage sombre et stérile. Secousses et recroquevillés, le Fils de la Terre est attaqué par des cannibales sans visage. Présenté de manière surréaliste, sanglante et entièrement visuelle, Begotten raconte la mort de la religion, l'abus de la nature par l'homme et une vision nihiliste de ce qu'est finalement la vie.
Hiver 1982 au cœur de l’Antarctique. Une équipe de recherche composée de 12 hommes, découvre un corps enfoui sous la neige depuis plus de 100 000 ans. Décongelée, la créature retourne à la vie et témoigne très vite de sa capacité à parasiter puis assimiler toute forme de vie. Isolés du monde, ne sachant plus qui est contaminé et qui ne l'est pas, les hommes de l'équipe vont sombrer dans la peur et la paranoïa. Un véritable combat s’engage.