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Depuis des siècles, les Ninjas se transmettent en secret leur art. Et la legende veut qu'un jour, un enfant venu de l'Ouest soit le plus grand maître de cet art. Découvert orphelin sur les côtes du Japon et adopté au sein du clan, Haru pourrait bien être celui-la. Ou peut-être pas !

Le film montre le bombardement d'Hiroshima et les terribles conséquences de la détonation d'une bombe atomique sur des humains pour la première fois dans l'histoire.

Nouvelle-Guinée, 1942. L'Australie et le Japon sont en guerre. Le 39e Bataillon reçoit pour mission de sécuriser la piste de Kokoda. A la suite de bombardements, quelques soldats se retrouvent totalement isolés au cœur de la jungle, sans vivres ni moyens de communication. Alors qu'ils tentent de rejoindre leur régiment, la bataille fait rage. Les combats, la faim, les maladies vont décimer le 39e Bataillon...

Au cours d'un mariage, un commando armé massacre l'assistance, laissant pour morte la Mariée et l'enfant qu'elle porte. Après 4 ans de coma, la Mariée se lance à la poursuite des assassins, membres du clan de Bill, au sein duquel, sous le pseudonyme de Black Mamba, elle exerça elle-même autrefois ses talents de redoutable tueuse…

Kuroda Keisuke se réveille dans un lit d'hôpital incapable de se souvenir de qui il est. Il se faufile hors de l'hôpital et arrive à voir les infos à la télévision. C'est le choc. En effet, Kuroda se rend compte qu'il est le premier ministre du Japon, et qui plus est avec la côte de popularité la plus basse de l'histoire. Lors d'un discours, il a été frappé d'une pierre lancé par un citoyen, ce qui lui a fait perdre la mémoire. Un homme, qui semble être son subordonné, l'emmène à la résidence officielle du premier ministre. Seuls ses trois secrétaires, dont Isaka, sont au courant de sa perte de mémoire. Kuroda cache sa perte de mémoire à tout le monde, y compris à sa femme Satoko.