Pour sauver le monde, Mothra remonte dans le temps pour tenter de vaincre un jeune roi Ghidorah.
小林恵
Moll
建みさと
Lora
羽野晶紀
Belvera
大仁田厚
Father
喜多川務
Kingugidora
上田耕一
Mr. Kôchô
山口紗弥加
Narrator
並樹史朗
En 2031, un projet scientifique top-secret projette par erreur un scientifique en 1817 où il fait la rencontre du docteur Victor Frankenstein...
Les villageois se sentent menaces par le château de Frankenstein, et décident de le faire sauter a la dynamite. Igor découvre dans les décombres, la créature du comte, enfermée dans du soufre endurci. Igor part avec le monstre un peu endommage, a la recherche de son créateur, afin qu'il puisse remettre son invention sur pied...
Le loup-garou a été réveillé par des pilleurs de tombes. L'idée de tuer des innocents les soirs de pleine lune pour l'éternité ne lui plaisant guère, il recherche le Dr Frankenstein pour trouver un moyen de mourir. Mais le docteur est mort, et il ne trouve que sa Créature, qui elle veut vivre...
Après la mort du baron Henry Frankenstein, son fils, Wolf, retourne habiter au manoir dont il a hérité avec sa famille. Alors que les villageois sont toujours terrifiés par les expériences jadis effectuées par son père, Wolf fait la rencontre d'Ygor, ancien assistant du baron qui lui demande de l'aider à faire renaître le monstre de son père.
En partant de cadavres, le baron Frankenstein veut créer un être humain personnifiant l'homme idéal.
Ryota vole un un bateau pour partir à la recherche de son frère disparu. Pendant le voyage en mer, le navire est attaqué par une terrible créature géante, Ebirah. Ayant accosté sur l'île de Letchi, il découvre que Mothra, un autre monstre, pourrait être capable de l'arrêter. En réalité, Mothra a besoin de renfort et Ryota va alors tout faire pour réveiller Godzilla...
Le Comte Frankenstein est tué par sa créature. La Lady reprend à son compte les expèriences de son créateur et tombe amoureuse d'une créature réussie mais particulièrement sanguinaire.
L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.
Le docteur Frankenstein essaie de créer l'être parfait.