En 1966, trois ans après l'assassinat du président John F. Kennedy à Dallas, Jim Garrison, procureur de La Nouvelle-Orléans (Louisiane), se plonge dans la lecture du rapport de la commission Warren chargée d'élucider le crime et ayant établi la culpabilité de Lee Harvey Oswald. Les invraisemblances et les « trous » du rapport Warren étonnent Garrison qui décide d'enquêter lui-même sur l'assassinat. Les pistes qu'il découvre avec l'aide d'une petite équipe gagnée à sa cause le mènent à la conclusion que Oswald n'était qu'une « couverture » masquant en fait un véritable complot minutieusement organisé par la CIA, le FBI et le Pentagone afin d'éliminer Kennedy.
L’assassinat de John Fitzgerald Kennedy est un souvenir gravé dans l’esprit de la plupart des Américains. Avec le temps, son idéologie aurait dicté le cours de l’histoire du monde. De nombreuses théories sur les raisons pour lesquelles le président a été assassiné ont imprégné la culture populaire, depuis le récit de la prétendue maîtresse de Lyndon B Johnson jusqu'au mystérieux homme « Parapluie ». Le 22 novembre 1963, la lueur d’espoir pour l’avenir s’éteint. Au fil des décennies, les questions restées sans réponse, les preuves falsifiées, les arrière-pensées et les témoignages entourant l’assassinat ont perpétué les théories du complot et les explications alternatives qui remettent en question le récit officiel.
Jeux Olympiques de Munich, 5 septembre 1972. Un commando de terroristes palestiniens prend en otages puis exécute 11 membres de l'équipe sportive israélienne, sous l'œil des téléspectateurs du monde entier. Inspiré de faits réels, Munich retrace le parcours de 5 agents israéliens chargés de traquer les 11 palestiniens considérés comme les commanditaires de l'attentat. Pour mener à bien cette mission, les 5 hommes devront renoncer du jour au lendemain à leur identité, et s’exposer à tout moment à la vengeance de leurs cibles.
Ce documentaire, tourné après le 7 octobre, replace dans leur contexte les récents événements et remonte le fil de l’extraordinaire histoire de cette région pour éclairer le présent. Il interroge acteurs et témoins de ce conflit : islamistes, nationalistes juifs, imams, rabbins, intellectuels, urbanistes, militaires…